Ктг на 37 неделе беременности расшифровка: КТГ плода при беременности в СПб

Содержание

Ранние роды по сравнению с выжидательной тактикой при предполагаемых проблемах у плода (ребенка) в конце беременности

В чем суть проблемы?

Какую помощь следует оказывать при предполагаемых проблемах у плода (ребенка) в конце беременности (после 37 недель)? Ребенок может испытывать проблемы, если плацента перестает правильно функционировать, и это означает, что ребенок получает недостаточно питания или кислорода. В этом Кокрейновском обзоре мы задались вопросом, что лучше — стимулировать роды, проводить кесарево сечение (оба способа обеспечивают ранние роды) или пролонгировать беременность до тех пор, пока роды не начнутся сами.

Почему это важно?

В некоторых случаях у здоровой женщины на поздних сроках беременности могут возникнуть признаки возникновения проблем у плода (ребенка). Некоторые из этих младенцев рождаются больными, очень редко не выживают или испытывают проблемы в дальнейшем развитии. Несколько факторов могут указывать на проблемы. Может возникнуть задержка роста, вследствие чего рост ребенка будет меньше ожидаемого (задержка внутриутробного развития — ЗВУР). У ребенка может наблюдаться снижение двигательной активности, что может свидетельствовать о том, что плацента перестала нормально функционировать. Мониторинг сердечной деятельности плода (известный как кардиотокография или КТГ) может выявить возможную проблему. Для оценки благополучия плода также может применяться ультразвуковое исследование, в ходе которого оценивается объем околоплодной жидкости и кровообращение.

Индукция (стимуляция) родов или кесарево сечение могут помочь этим младенцам родиться раньше. Но при такого рода ранних вмешательствах легкие плода могут быть недостаточно зрелыми, чтобы хорошо справляться с окружающим миром, и, возможно, для них было бы лучше продолжать развиваться внутриутробно (оставаться внутри матки). Неясно, какой вариант лучше всего подходит для матерей и плода.

Какие доказательства мы обнаружили?

Мы нашли три испытания с участием 546 беременных женщин и их доношенных младенцев на поздних сроках беременности (поиск — 31 мая 2015 года). Во всех трех испытаниях рассматривали использование индукции (стимуляции) родов для раннего рождения детей. В двух испытаниях рассматривали младенцев со ЗВУР, и в одном испытании — младенцев с недостаточным объемом амниотической жидкости (маловодие). Все три испытания были приемлемого качества и большая часть доказательств была получена из самого крупного клинического испытания, в котором сравнивали младенцев с задержкой роста. Информация об источниках финансирования этих клинических испытаний отсутствует.

В целом, мы не обнаружили значимых различий между двумя этими стратегиями с точки зрения выживания младенцев, числа тяжелобольных младенцев, числа младенцев с проблемами развития.

Мы рассмотрели и другие исходы, в том числе, число проведенных кесаревых сечений и оперативных вагинальных родов (с использованием щипцов или вакуум-экстрактора). Однако, мы не можем быть уверены в отсутствии действительных значимых различий, так как число участвовавших женщин и младенцев было слишком малым.

В группе ранних родов было больше индуцированных (стимулированных) родов.

Что это значит?

Недостаточно доказательств из клинических испытаний для руководства в клинической практике относительно ранних родов по сравнению с выжидательной тактикой у здоровых женщин в конце беременности при возникновении проблем у плода. Необходимы дальнейшие более крупные клинические испытания. Также необходимы исследования в области использования более надежных и качественных тестов для выявления проблем у плода в конце беременности. При принятии решения женщины должны обсудить свои особые обстоятельства с людьми, оказывающими им помощь.

Заметки по переводу: 

Перевод: Залеева Айгель Расимовна. Редактирование: Александрова Эльвира Григорьевна. Координация проекта по переводу на русский язык: Cochrane Russia — Кокрейн Россия (филиал Северного Кокрейновского Центра на базе Казанского федерального университета). По вопросам, связанным с этим переводом, пожалуйста, обращайтесь к нам по адресу: cochrane. [email protected]; [email protected]

КТГ кардиотокография плода — цена, проведение и расшифровка КТГ в клинике в Москве

Сердечная деятельность плода является наиболее точным и объективным показателем состояния плода во внутриутробном периоде и периоде родов

Исторический опыт показывает, что в связи со своей доступностью, она явилась тем первым проявлением жизнедеятельности плода, с которого началось систематическое изучение его функционального состояния.

Аускультация сердца плода была предложена Марсаком еще в XVII веке. Позже (XIX век)  появились первые акушерские стетоскопы. Современный акушерский стетоскоп применяют с 1917 г. До середины XX века стетоскоп был единственным средством исследования сердечного ритма плода.

В 50-е гг. для оценки этого показателя впервые применили электрокардиографию (ЭКГ). Сравнение двух методов показало, что по чувствительности ЭКГ значительно превосходит аускультацию, т.к. с помощью стетоскопа можно определить только выраженные изменения сердечного ритма, обусловленный , как правило, тяжелой гипоксией.

К тому времени с помощью ЭКГ  уже были описаны нормальные параметры сердечного ритма плода и появилась возможность установить причины его нарушений.

Важным этапом в развитии перинатологии явилось внедрение в клиническую практику метода кардиотокографии (КТГ), основанного на принципе Доплера.

Кардиомониторы позволяют регистрировать изменение интервалов между отдельными циклами сердечной деятельности плода. Приборы оснащены также датчиками, позволяющими регистрировать одновременно сократительную деятельность  матки и движения плода.

Различают непрямую (наружную) и прямую (внутреннюю) кардиотокографию. Во время беременности используется только непрямая кардиотокография;она же в настоящее время наиболее распространена и в родах, так как применение наружных датчиков не имеет противопоказаний и не вызывает каких-либо осложнений.

Оценивают следующие параметры КТГ плода: сердечный ритм, его вариабельность, наличие акселераций и децелераций, связь последних со схватками.

Акселерация – повышение частоты сердечных сокращений (ЧСС) плода на 15-25 ударов в минуту по сравнению с базовой. Акселерации возникают в ответ на шевеление плода, схватку, прижатие пуповины. Их появление считается благоприятным признаком.

Децелерация – урежение ЧСС, связанное с шевелением плода, схваткой.

Изучение кардиотокограммы начинают с определения базального ритма, под которым понимают среднюю величину между мгновенными значениями сердцебиения плода, сохраняющуюся неизменной 10 минут и более, не учитывая акселерации и децелерации.

Нормальный базальный ритм составляет 120-160 уд/мин (в среднем 140-145). Снижение базального ритма ниже 120 уд/мин расценивают как брадикардию, а увеличение более 160 уд/мин – как тахикардию.

При характеристике базального ритма необходимо учитывать его вариабельность, т.е. частоту и амплитуду мгновенных изменений частоты сердечных сокращений плода (мгновенные осцилляции). Монотонность сердечного ритма в норме встречается при гестационном сроке менее 28 недель (поскольку нервная регуляция сердечного ритма устанавливается примерно с этого срока) и во время сна плода.

Подсчет частоты и амплитуды мгновенных осцилляций проводят в течение каждых последующих 10 минут. Амплитуду осцилляций определяют по величине отклонения от базального ритма, частоту – по количеству осцилляций за 1 минуту.

Критериями нормальной КТГ  являются следующие признаки:

  • базальный ритм в пределах 120-160 уд/мин
  • амплитуда вариабельности сердечного ритма – 5-25 уд/мин
  • регистрируются 2 акселерации и более на протяжении 10 минут записи
  • децелерации отсутствуют или отмечаются спорадические, неглубокие и очень короткие

КТГ проводится всем беременным  с 32 недель беременности, т.к. к данному сроку беременности у плода происходит становление цикла активность-покой, что позволяет получить стабильную, качественную запись, позволяющую правильно охарактеризовать состояние плода.

Исследование длится 40-60 минут, проводится каждые 10-14 дней до родов, а, при необходимости, и чаще. Желательно, чтобы женщина пришла на исследование отдохнувшей, не натощак, выбрав время наибольшей двигательной активности плода.

Наш медицинский центр оказывает самый широкий спектр услуг. Вы всегда можете обратится к нам по вопросам ведения беременности. Мы готовы оказать вам услуги курсов для беременных и курсов подготовки к родам.

ПЕРЕЧЕНЬ УСЛУГ Стандарт Комфорт Стандарт + Стандарт ++*
I триместр до 36 недель II триместр до 36 недель III триместр до 36 недель I триместр до 36 недель II триместр до 36 недель I триместр до 36 недель II триместр до 36 недель I триместр до 40 недель
ЦЕНА: 95600 руб 84000 руб 62000 руб 106200 руб 91600 руб 117300 руб 100400 руб 149600 руб
КОНСУЛЬТАЦИЯ
Врача акушера-гинеколога 10 8 6 10 8 12 9 15
Врача отоларинголога 1 1 1 1 1 1 1 1
Врача эндокринолога 1 1 1 1 1 1 1 1
Врача терапевта 2 2 1 2 2 2 2 2
Консультация психолога — — — 3 2 — — —
Психологическое тестирование — — — 1 1 — — —
Врача специалиста на выбор (кардиолог, дерматолог, невролог) — — — — — 1 1 2
ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ДИАГНОСТИКА
ЭКГ с расшифровкой 2 2 1 2 2 2 2 2
УЗИ беременной (I,II,III, триместры) 4 3 2 4 3 5 4 5
Доплерометрия 1 1 1 1 1 2 2 3
Кардиотокография 3 3 3 3 3 3 3 3
Перинатальная диагностика трисомий I,II триместр 1 1 — 1 1 1 1 1
ОБЩИЕ АНАЛИЗЫ
Общий анализ крови 4 2 2 4 3 5 4 7
Общий анализ мочи 10 8 6 10 8 12 9 12
Исследование крови на резус-фактор, группу крови 1 1 1 1 1 1 1 1
Комплекс Коагулограмма, ВА, Д-димер 2 2 1 2 2 3 2 3
Агрегация тромбоцитов с АДФ 2 1 1 2 1 2 1 2
Антитела к фосфолипидам ** — — — — — — — 1
Бактериоскопическая диагностика 3 2 1 3 2 3 2 3
Цитология исследования шейки матки 1 1 1 1 1 1 1 1
ИНФЕКЦИОННАЯ СЕРОЛОГИЯ
Исследование крови на ВИЧ, RW, HBsAg, HCV-ат 2 2 1 2 2 2 2 3
Сифилис RPR (RW) экспресс метод титр 1 1 — 1 1 1 1 —
Анализ крови на внутриутробную инфекцию ** 1 1 1 1 1 1 1 1
ГОРМОНЫ
Гормоны ** 1 1 1 1 1 2 2 4
БИОХИМИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глюкозотолерантный тест 1 1 1 1 1 1 1 1
Биохимия ** 2 2 1 2 2 2 2 2
ПЦР
Обследование на половые инфекции методом ПЦР ** 1 1 1 1 1 1 1 1
БАКТЕРИОЛОГИЧЕСКИЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Бактериальный посев мочи на флору 1 1 1 1 1 1 1 1
Бактериальный посев флоры 1 1 — 1 1 1 1 4

Профилирование плацентарной транскрипции на сроке беременности 6–23 недели выявляет дифференциальное использование транскрипции на раннем этапе развития

Сохранить цитату в файл

Формат: Резюме (текст)PubMedPMIDAbstract (текст)CSV

Добавить в коллекции

  • Создать новую коллекцию
  • Добавить в существующую коллекцию

Назовите свою коллекцию:

Имя должно содержать менее 100 символов

Выберите коллекцию:

Не удалось загрузить вашу коллекцию из-за ошибки
Повторите попытку

Добавить в мою библиографию

  • Моя библиография

Не удалось загрузить делегатов из-за ошибки
Повторите попытку

Ваш сохраненный поиск

Название сохраненного поиска:

Условия поиска:

Тестовые условия поиска

Электронная почта: (изменить)

Который день? Первое воскресеньеПервый понедельникПервый вторникПервая средаПервый четвергПервая пятницаПервая субботаПервый деньПервый рабочий день

Который день? ВоскресеньеПонедельникВторникСредаЧетвергПятницаСуббота

Формат отчета: SummarySummary (text)AbstractAbstract (text)PubMed

Отправить максимум: 1 шт. 5 шт. 10 шт. 20 шт. 50 шт. 100 шт. 200 шт.

Отправить, даже если нет новых результатов

Необязательный текст в электронном письме:

Создайте файл для внешнего программного обеспечения для управления цитированием

. 2022 19 апреля; 23 (9): 4506.

дои: 10.3390/ijms23094506.

Константинос Дж. Богиас 1 2 , Стивен М. Педерсон 3 , Шалем Лимакз 1 2 4 , Мелани Д. Смит 4 , Дейл Маканинч 1 , Таня Янкович-Карасулос 1 2 4 , Дилан Маккалоу 4 , Цяньхуэй Ван 4 , Тина Бьянко-Миотто 2 5 , Джеймс Брин 6 7 , Клэр Т. Робертс 1 2 4

Принадлежности

  • 1 Медицинская школа Аделаиды, Университет Аделаиды, Аделаида, SA 5005, Австралия.
  • 2 Научно-исследовательский институт Робинсона, Аделаидский университет, Аделаида, SA 5005, Австралия.
  • 3 Dame Roma Mitchell Cancer Research Laboratories, Adelaide Medical School, University of Adelaide, Adelaide, SA 5005, Australia.
  • 4 Институт здоровья и медицинских исследований Флиндерса, Университет Флиндерса, Бедфорд-Парк, ЮАР, 5042, Австралия.
  • 5 Школа сельского хозяйства, продуктов питания и вина, Исследовательский институт Уэйта, Аделаидский университет, Аделаида, SA 5005, Австралия.
  • 6 Indigenous Genomics, Детский телемарафон (офис в Аделаиде), Аделаида, SA 5000, Австралия.
  • 7 Колледж здоровья и медицины, Австралийский национальный университет, Канберра, ACT 2600, Австралия.
  • PMID: 35562897
  • PMCID: PMC9105363
  • DOI: 10.3390/ijms23094506

Бесплатная статья ЧВК

Константинос Дж. Богиас и соавт. Int J Mol Sci. .

Бесплатная статья ЧВК

. 2022 19 апреля; 23 (9): 4506.

дои: 10.3390/ijms23094506.

Авторы

Константинос Дж. Богиас 1 2 , Стивен М. Педерсон 3 , Шалем Лимакз 1 2 4 , Мелани Д. Смит 4 , Дейл Маканинч 1 , Таня Янкович-Карасулос 1 2 4 , Дилан Маккалоу 4 , Цяньхуэй Ван 4 , Тина Бьянко-Миотто 2 5 , Джеймс Брин 6 7 , Клэр Т. Робертс 1 2 4

Принадлежности

  • 1 Медицинская школа Аделаиды, Университет Аделаиды, Аделаида, SA 5005, Австралия.
  • 2 Научно-исследовательский институт Робинсона, Аделаидский университет, Аделаида, SA 5005, Австралия.
  • 3 Дама Рома Митчелл Лаборатории исследования рака, Медицинская школа Аделаиды, Университет Аделаиды, Аделаида, SA 5005, Австралия.
  • 4 Институт здоровья и медицинских исследований Флиндерса, Университет Флиндерса, Бедфорд-Парк, ЮАР, 5042, Австралия.
  • 5 Школа сельского хозяйства, продуктов питания и вина, Исследовательский институт Уэйта, Аделаидский университет, Аделаида, SA 5005, Австралия.
  • 6 Indigenous Genomics, Детский телемарафон (офис в Аделаиде), Аделаида, SA 5000, Австралия.
  • 7 Колледж здоровья и медицины, Австралийский национальный университет, Канберра, ACT 2600, Австралия.
  • PMID: 35562897
  • PMCID: PMC9105363
  • DOI: 10.3390/ijms23094506

Абстрактный

Плацента человека является быстро развивающимся переходным органом, который является ключом к успешному протеканию беременности. Раннее развитие зачатия происходит в среде с низким содержанием кислорода до того, как насыщенная кислородом материнская кровь начинает поступать в плаценту примерно на 10-12 неделе беременности. Этот процесс, вероятно, существенно влияет на общую экспрессию плацентарных генов. Вариабельность транскриптов, лежащая в основе экспрессии генов, еще предстоит профилировать. В этом исследовании были определены точные профили экспрессии транскриптов для 84 образцов ткани ворсин хориона плаценты человека, собранных в период беременности 6-23 недель. Оценивали дифференциальную экспрессию генов (DGE), дифференциальную экспрессию транскриптов (DTE) и дифференциальное использование транскриптов (DTU) между группами 6-10 недель и 11-23 недель беременности. Всего 229гены имели значительный DTE, но не имели значительного DGE. Интеграция анализов DGE и DTE показала, что дифференциальные паттерны экспрессии отдельных транскриптов обычно маскировались при агрегации до уровня генов. Из 611 генов, которые проявляли DTU, 534 не имели значительных DGE или DTE. Четыре наиболее значимых гена DTU ADAM10 , VMP1 , GPR126 и ASAh2, были связаны с путями, реагирующими на гипоксию. Использование транскрипта является вероятным регуляторным механизмом ранней плацентации. Выявление функциональных ролей будет способствовать новому пониманию происхождения осложнений беременности.

Ключевые слова: РНК-последовательность; разработка; человек; плацента; транскриптом.

Заявление о конфликте интересов

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов.

Цифры

Рисунок 1

Анализ основных компонентов на уровне транскрипта…

Рисунок 1

Основной компонент Анализ экспрессии на уровне транскриптов в плаценте, показывающий четкую связь между…

Рисунок 1

Основной компонент Анализ экспрессии на уровне транскриптов в плаценте, показывающий четкую связь между гестационным возрастом в течение 6–23 недель беременности и PC1. Образцы на ранних неделях беременности локализованы справа, а образцы в середине беременности слева, что указывает на то, что срок беременности представляет собой самый большой источник изменчивости в данных.

Рисунок 2

Перекрытие значимых генов от…

Рисунок 2

Перекрытие значимых генов из анализов DGE, DTE и DTU между 6–10 неделями…

фигура 2

Перекрытие значимых генов из анализов DGE, DTE и DTU между 6–10 неделями и 11–23 неделями беременности плаценты. Статистическую значимость определяли с использованием FDR 1 для анализа как DGE, так и DTE, а также FDR

Рисунок 3

Выражение лучших 15…

Рисунок 3

Экспрессия 15 лучших транскриптов в анализе DTE, которые продемонстрировали наибольшее…

Рисунок 3

Экспрессия первых 15 транскриптов в анализе DTE, которые демонстрировали наибольшую разницу в экспрессии по сравнению с анализом DGE. Строки (транскрипты) сгруппированы по горизонтали с использованием метода Уорда D2 с промежутками, различающими каждый кластер, а столбцы (выборки) упорядочены по гестационному возрасту. Вертикальный разрыв на тепловой карте разделяет подсчеты на две группы выборок на сроке беременности 6–10 недель и 11–23 недели.

Рисунок 4

Диаграмма рассеяния, показывающая медианную долю транскриптов…

Рисунок 4

Диаграмма рассеяния, показывающая различия в медианной доле транскриптов по сравнению со средней экспрессией генов (log2 CPM)…

Рисунок 4

Диаграмма рассеяния, показывающая различия в медианной пропорции транскриптов по сравнению со средней экспрессией генов (log2 CPM) между тканью ворсинок плаценты на сроках беременности 11–23 и 6–10 недель. Значимые транскрипты (FDR 0,2) или изменяющиеся транскрипты с самой высокой средней экспрессией гена (> 12) помечены.

Рисунок 5

Плацентарная ворсинка ADAM10 экспрессия генов,…

Рисунок 5

Плацентарная ворсинка ADAM10 экспрессия генов, экспрессия транскриптов и использование транскриптов между 6–10 неделями…

Рисунок 5

Ворсинки плаценты ADAM10 9Экспрессия гена 0212, экспрессия транскриптов и использование транскриптов между 6–10 неделями и 11–23 неделями беременности с интрон-экзонными структурами каждого транскрипта. ( A ) Структуры изоформ ADAM10 . Кодирующие последовательности в каждом транскрипте непрозрачны, а некодирующие участки прозрачны. Все транскрипты транскрибируются на обратной цепи. Каждый транскрипт расположен относительно стартового сайта области гена. ( B ) Экспрессия гена ADAM10 в log2 CPM на сроке беременности 6–23 недели. ( C ) Блок-диаграмма пропорций транскриптов ADAM10 общей экспрессии генов между 6–10 неделями и 11–23 неделями беременности. Транскрипты со значительным изменением пропорций отмечены (*). ( D ) Экспрессия транскрипта в log2 TPM, масштабированная по длине транскрипта ADAM10 в течение 6–23 недель беременности, показывает почти 32-кратное (log2 5-кратное) снижение экспрессии некодирующего транскрипта ADAM10- 015 .

См. это изображение и информацию об авторских правах в PMC

.

Похожие статьи

  • Крупномасштабное профилирование микроРНК по всему транскриптому в плаценте человека и материнской плазме на ранних и средних сроках беременности.

    Смит М.Д., Пиллман К., Янкович-Карасулос Т., Маканинч Д., Ван К., Богиас К.Дж., Маккалоу Д., Бьянко-Миотто Т., Брин Дж., Робертс К.Т. Смит, доктор медицины, и соавт. РНК биол. 2021 15 октября; 18 (дополнение 1): 507-520. дои: 10.1080/15476286.2021.1963105. Epub 2021, 19 августа. РНК биол. 2021. PMID: 34412547 Бесплатная статья ЧВК.

  • Небольшой профиль экспрессии транскриптов ворсин плаценты человека в первом триместре беременности, проанализированный с помощью индивидуально подобранного массива кДНК.

    Хан М.А., Кар М., Миттал С., Кумар С., Бхарагава В.Л., Сенгупта Дж., Гоши Д. Хан М.А. и соавт. Индийский J Physiol Pharmacol. 2010 июль-сен;54(3):235-54. Индийский J Physiol Pharmacol. 2010. PMID: 21409862

  • Генетическая экспрессия ворсинами хориона плода в первом триместре беременности человека.

    Дизон-Таунсон Д.С., Лу Дж., Морган Т.К., Уорд К.Дж. Дизон-Таунсон Д.С. и соавт. Am J Obstet Gynecol. 2000 г., сен; 183 (3): 706-11. doi: 10.1067/моб.2000.106583. Am J Obstet Gynecol. 2000. PMID: 10992197

  • Современные подходы и разработки в профилировании транскриптов плаценты человека.

    Юн ХЭЙ, Чан С.И. Yong HEJ и др. Обновление воспроизведения гула. 2020 1 ноября; 26 (6): 799-840. дои: 10.1093/humupd/dmaa028. Обновление воспроизведения гула. 2020. PMID: 33043357 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

  • Формирование плаценты на ранних сроках беременности: как устроен центр плаценты?

    Босс А.Л., Чамли Л.В., Джеймс Дж.Л. Босс А.Л. и др. Обновление воспроизведения гула. 2018 1 ноября; 24 (6): 750-760. дои: 10.1093/humupd/dmy030. Обновление воспроизведения гула. 2018. PMID: 30257012 Обзор.

Посмотреть все похожие статьи

Цитируется

  • Выявление новых регуляторов развития плаценты с использованием данных транскриптома временных рядов.

    Ву Х.Т., Каур Х., Кис К.Р., Старкс Р.Р., Тутея Г. Ву ХТ и др. Альянс наук о жизни. 2022 г., 13 декабря; 6(2):e202201788. doi: 10.26508/lsa.202201788. Печать 2023 фев. Альянс наук о жизни. 2022. PMID: 36622342 Бесплатная статья ЧВК.

  • Сосредоточение внимания на роли секретина/адгезии (класс B) рецепторов, связанных с G-белком, в развитии плаценты и преэклампсии.

    Инь А., Гуань С., Чжан Дж. В., Ню Дж. Инь А и др. Front Cell Dev Biol. 2022 14 сент.; 10:959239. doi: 10.3389/fcell.2022.959239. Электронная коллекция 2022. Front Cell Dev Biol. 2022. PMID: 36187484 Бесплатная статья ЧВК. Обзор.

  • Прогнозирование воздействия лекарств на плод человека с помощью моделирования PBPK матери и плода и исследований in vitro или ex vivo.

    Балхара А., Кумар А.Р., Унадкат Д.Д. Балхара А. и др. Дж. Клин Фармакол. 2022, сен; 62 Дополнение 1 (Приложение 1): S94-S114. doi: 10.1002/jcph.2117. Дж. Клин Фармакол. 2022. PMID: 36106781 Обзор.

Рекомендации

    1. Гуде Н.М., Робертс С.Т., Калионис Б., Кинг Р.Г. Рост и функция нормальной плаценты человека. тромб. Рез. 2004;114:397–407. doi: 10.1016/j.thromres. 2004.06.038. — DOI — пабмед
    1. Робертс К.Т. Премия IFPA в области плацентологии. Лекция: сложные взаимодействия между генами и окружающей средой при плацентации, исходе беременности и долгосрочном здоровье. Плацента. 2010;31:S47–S53. doi: 10.1016/j.placenta.2010.01.001. — DOI — пабмед
    1. Jaffe R. , Jauniaux E., Hustin J. Кровообращение матери в плаценте человека в первом триместре — миф или реальность? Являюсь. Дж. Обст. Гинекол. 1997; 176: 695–705. doi: 10.1016/S0002-9378(97)70572-6. — DOI — пабмед
    1. Жонио Э., Уотсон А.Л., Хэмпсток Дж., Бао Ю.П., Скеппер Дж.Н., Бертон Г.Дж. Начало материнского артериального кровотока и плацентарного окислительного стресса. Возможный фактор невынашивания беременности у человека на ранних сроках. Являюсь. Дж. Патол. 2000;157:2111–2122. doi: 10.1016/S0002-9440(10)64849-3. — DOI — ЧВК — пабмед
    1. Brosens I. , Pijnenborg R., Vercruysse L., Romero R. «Большие акушерские синдромы» связаны с нарушениями глубокой плацентации. Являюсь. Дж. Обст. Гинекол. 2011; 204:193–201. doi: 10.1016/j.ajog.2010.08.009. — DOI — ЧВК — пабмед

термины MeSH

Грантовая поддержка

  • 1 R01 HD089685-01/NH/NIH HHS/США
  • GNT1174971/Национальный совет по здравоохранению и медицинским исследованиям

Полнотекстовые ссылки

МДПИ Бесплатная статья ЧВК

Ссылка

Формат: ААД АПА МДА НЛМ

Отправить на

Профилирование плацентарной транскрипции на сроке беременности 6–23 недели выявляет дифференциальное использование транскриптов на раннем этапе развития

1. Gude N.M., Roberts C.T., Kalionis B., King R.G. Рост и функция нормальной плаценты человека. тромб. Рез. 2004; 114: 397–407. doi: 10.1016/j.thromres.2004.06.038. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

2. Робертс К.Т. Премия IFPA в области плацентологии. Лекция: сложные взаимодействия между генами и окружающей средой при плацентации, исходе беременности и долгосрочном здоровье. Плацента. 2010;31:S47–S53. doi: 10.1016/j.placenta.2010.01.001. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

3. Jaffe R., Jauniaux E., Hustin J. Материнское кровообращение в плаценте человека в первом триместре — миф или реальность? Являюсь. Дж. Обст. Гинекол. 1997; 176: 695–705. doi: 10.1016/S0002-9378(97)70572-6. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

4. Jauniaux E., Watson A.L., Hempstock J., Bao Y.P., Skepper J.N., Burton G.J. Начало материнского артериального кровотока и плацентарного окислительного стресса. Возможный фактор невынашивания беременности у человека на ранних сроках. Являюсь. Дж. Патол. 2000;157:2111–2122. doi: 10.1016/S0002-9440(10)64849-3. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

5. Brosens I., Pijnenborg R., Vercruysse L., Romero R. «Большие акушерские синдромы» связаны с нарушениями глубокой плацентации. Являюсь. Дж. Обст. Гинекол. 2011;204:193–201. doi: 10.1016/j.ajog.2010.08.009. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

6. Burton G.J., Cindrova-Davies T., Yung H.W., Jauniaux E. Кислород и развитие плаценты человека. Репродукция. 2020;161:F53–F65. doi: 10.1530/REP-20-0153. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

7. Winn V.D., Haimov-Kochman R., Paquet A.C., Yang Y.J., Madhusudhan M.S., Gormley M., Feng K.-T.V., Bernlohr D.A., McDonagh S., Pereira Л. и др. Профилирование экспрессии генов интерфейса матери и плода у человека выявляет резкие изменения между средним сроком беременности и доношенным сроком. Эндокринология. 2007;148:1059–1079. doi: 10.1210/en.2006-0683. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

8. Sitras V., Fenton C., Paulssen R., Vårtun Å., Acharya G. Различия в экспрессии генов между плацентой человека в первом и третьем триместре беременности: исследование микрочипов. ПЛОС ОДИН. 2012;7:e33294. doi: 10.1371/journal.pone.0033294. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

9. Lim Y.C., Li J., Ni Y., Liang Q., Zhang J., Yeo GSH, Lyu J., Jin S., Ding C. Сложная связь между метилированием ДНК и экспрессией генов в плаценте человека в первом и третьем триместрах. ПЛОС ОДИН. 2017;12:e0181155. doi: 10.1371/journal.pone.0181155. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

10. Брин Дж., Маканинч Д., Янкович-Карасулос Т., Маккалоу Д., Смит М.Д., Богиас К.Дж., Ван К., Чоудри А., Хин Н., Педерсон С.М. и соавт. Профили экспрессии временного плацентарного генома отражают три фазы маточно-плацентарного кровотока в период ранней и средней беременности человека. Indigenous Genomics, Детский телемарафон (офис в Аделаиде): Аделаида, ЮАР, Австралия, 2020 г. рукопись в процессе подготовки .

11. Gu Y., Sun J., Groome L.J., Wang Y. Дифференциальные профили экспрессии микроРНК между плацентами человека в первом и третьем триместре. Являюсь. Дж. Физиол. Эндокринол. Метаб. 2013; 304:E836–E843. doi: 10.1152/ajpendo.00660.2012. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

12. Смит М.Д., Пиллман К., Янкович-Карасулос Т., Маканинч Д., Ван К., Богиас К.Дж., Маккалоу Д., Бьянко-Миотто Т., Брин Дж., Робертс К.Т. Крупномасштабное профилирование микроРНК по всему транскриптому в плаценте человека и материнской плазме на ранних и средних сроках беременности. РНК биол. 2021; 18: 507–520. doi: 10.1080/15476286.2021.1963105. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

13. Buckberry S., Bianco-Miotto T., Roberts C.T. Импринтированные и сцепленные с Х-хромосомой некодирующие РНК как потенциальные регуляторы плацентарной функции человека. Эпигенетика. 2014;9: 81–89. doi: 10.4161/epi.26197. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

14. McAninch D., Roberts C.T., Bianco-Miotto T. Mechanistic Insight of Long Noncoding RNAs and the Placenta. Междунар. Дж. Мол. науч. 2017;18:1371. doi: 10.3390/ijms18071371. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

15. Pan Q., Shai O., Lee L.J., Frey B.J., Blencowe B.J. Глубокое исследование сложности альтернативного сплайсинга в транскриптоме человека с помощью высокопроизводительного секвенирования . Нац. Жене. 2008;40:1413–1415. дои: 10.1038/ng.259. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

16. Wang E.T., Sandberg R., Luo S., Khrebtukova I., Zhang L., Mayr C., Kingsmore S.F., Schroth G.P., Burge C.B. Альтернативная регуляция изоформ у человека тканевые транскриптомы. Природа. 2008; 456: 470–476. doi: 10.1038/nature07509. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

17. Yi L., Pimentel H., Bray N.L., Pachter L. Дифференциальный анализ на уровне генов при разрешении на уровне транскриптов. Геном биол. 2018;19:53. doi: 10.1186/s13059-018-1419-з. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

18. Roberts HJ, Hu S., Qiu Q., Leung PCK, Caniggia I., Gruslin A., Tsang B., Peng C. Идентификация новые изоформы киназы 7, подобной рецептору активина (ALK7), генерируемые альтернативным сплайсингом и экспрессией ALK7 и его лиганда, Nodal, в плаценте человека. биол. Воспр. 2003; 68: 1719–1726. doi: 10.1095/biolreprod.102.013045. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

19. Yang W., Ahn H., Hinrichs M., Torry R.J., Torry D.S. Доказательства новой изоформы плацентарного фактора роста (PlGF-4), экспрессируемого в трофобласте человека и эндотелиальные клетки. Дж. Репрод. Иммунол. 2003; 60: 53–60. doi: 10.1016/S0165-0378(03)00082-2. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

20. Monk D., Sanches R., Arnaud P., Apostolidou S., Hills F.A., Abu-Amero S., Murrell A., Friess H., Reik W., Stanier P., et al. Импринтинг транскрипта IGF2 P0 и новых альтернативно сплайсированных изоформ INS-IGF2 показывает различия между мышами и человеком. Гум. Мол. Жене. 2006; 15:1259–1269. doi: 10.1093/hmg/ddl041. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

21. Икеда Т., Сун Л., Цуруока Н., Исигаки Ю., Ёситоми Ю., Йошитаке Ю., Йонекура Х. Гипоксия подавляет sFlt-1 (sVEGFR). -1) экспрессия в эндотелиальных клетках микрососудов человека по механизму, включающему альтернативный процессинг мРНК. Биохим. Дж. 2011; 436:399–407. doi: 10.1042/BJ20101490. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

22. Сонесон С., Лав М.И., Робинсон М.Д. Дифференциальный анализ для секвенирования РНК: оценки на уровне транскрипта улучшают выводы на уровне генов. [версия 2; экспертная оценка: одобрено 2] F1000Research. 2015;4:1521. doi: 10.12688/f1000research.7563.1. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

23. Сонесон К., Маттес К.Л., Новицка М., Лоу К.В., Робинсон М.Д. Предварительная фильтрация изоформ повышает эффективность методов на основе подсчета для анализа использования дифференциальных транскриптов . Геном биол. 2016;17:12. doi: 10.1186/s13059-015-0862-3. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

24. Лав М.И., Сонесон С., Патро Р. Плавание вниз по течению: Статистический анализ дифференциального использования транскриптов после количественного определения лосося. F1000Исследование. 2018;7:952. doi: 10.12688/f1000research.15398.1. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Маевский М.К. Профилирование транскриптома плаценты при задержке внутриутробного развития (ЗВУР) Int. Дж. Мол. науч. 2019;20:1510. doi: 10.3390/ijms20061510. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

26. Ruano C.S.M., Apicella C., Jacques S., Gascoin G., Gaspar C., Miralles F., Méhats C., Vaiman D. Альтернатива сплайсинг в нормальных и патологических плацентах человека коррелирует с генетическими вариантами. Гум. Жене. 2021; 140: 827–848. doi: 10.1007/s00439-020-02248-x. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

27. Джорджиаду Д. , Буссата С., Кейсер Р., Янссен Д.А.М., Афинк Г.Б., ван Дейк М. Нокдаун белка сплайсингового комплекса PCBP2 уменьшает вневорсинчатый трофобласт дифференцировка за счет переключения транскриптов. Передний. Сотовый Дев. биол. 2021;9:671806. doi: 10.3389/fcell.2021.671806. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

Влияние альтернативного сплайсинга на протеом человека. Cell Rep. 2017; 20:1229–1241. doi: 10.1016/j.celrep.2017.07.025. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

29. Nucci M., Poon L.C., Demirdjian G., Darbouret B., Nicolaides K.H. Изоформы 1 и 2 плацентарного фактора роста материнской сыворотки на 11–13, 20–24 и 30–34 неделях беременности при преэклампсии с поздним началом и у новорожденных с малым для гестационного возраста возрастом. Диагностика плода тер. 2014;35:249–257. doi: 10.1159/000358595. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

30. Regnault T.R.H., Orbus R.J., de Vrijer B., Davidsen M.L., Galan H.L., Wilkening R. B., Anthony R.V. Плацентарная экспрессия VEGF, PlGF и их рецепторов в модели плацентарной недостаточности-задержки внутриутробного развития (PI-IUGR) Плацента. 2002; 23: 132–144. doi: 10.1053/мест.2001.0757. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

31. Томас С.П., Эндрюс Дж.И., Лю К.З. Интронные сигнальные последовательности полиаденилирования и альтернативный сплайсинг генерируют человеческие варианты растворимого Flt1 и регулируют содержание растворимого Flt1 в плаценте. FASEB J. 2007; 21: 3885–389.5. doi: 10.1096/fj.07-8809com. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

32. Schumann S., Buck V.U., Classen-Linke I., Wennemuth G., Grümmer R. Claudin-3, claudin-7 и claudin-10 показывают разные модели распределения. во время децидуализации и инвазии трофобласта у мыши и человека. гистохим. Клеточная биол. 2015; 144: 571–585. doi: 10.1007/s00418-015-1361-z. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

33. Mwaikambo BR, Yang C., Chemtob S., Hardy P. зависимые механизмы. Дж. Биол. хим. 2009 г.;284:26695–26707. doi: 10.1074/jbc.M109.033480. [Статья бесплатно PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

34. Febbraio M., Hajjar DP, Silverstein RL CD36: рецептор-мусорщик класса B, участвующий в ангиогенезе, атеросклерозе, воспалении и метаболизме липидов. Дж. Клин. расследование 2001; 108: 785–791. doi: 10.1172/JCI14006. [PMC free article] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

35. Coma S., Shimizu A., Klagsbrun M. Гипоксия индуцирует миграцию опухоли и эндотелиальных клеток семафорин-3F- и VEGF-зависимым образом посредством репрессии транскрипции. их общего рецептора нейропилина 2. Cell Adh. Мигр. 2011;5:266–275. doi: 10.4161/cam.5.3.16294. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

36. Maynard S.E., Min J.-Y., Merchan J., Lim K.-H., Li J., Mondal S., Либерманн Т.А., Морган Дж.П., Селлке Ф.В., Стиллман И.Е. и др. Избыток плацентарной растворимой fms-подобной тирозинкиназы 1 (sFlt1) может способствовать дисфункции эндотелия, гипертонии и протеинурии при преэклампсии. Дж. Клин. расследование 2003; 111: 649–658. doi: 10.1172/JCI17189. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

37. Heydarian M., McCaffrey T., Florea L., Yang Z., Ross M.M., Zhou W., Maynard S.E. Новые варианты сплайсинга sFlt1 активируются при преэклампсии. Плацента. 2009 г.;30:250–255. doi: 10.1016/j.placenta.2008.12.010. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

38. Палмер К.Р., Кайтуу-Лино Т.Дж., Хасти Р., Ханнан Н.Дж., Е Л., ​​Биндер Н., Кэннон П., Туохи Л., Джонс Т.Г., Шуб А. и др. Плацентарно-специфический белок sFLT-1 e15a увеличивается при преэклампсии, противодействует передаче сигналов фактора роста эндотелия сосудов и обладает антиангиогенной активностью. Гипертония. 2015;66:1251–1259. doi: 10.1161/HYPERTENSIONAHA.115.05883. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

39. Jin X., Qiao L., Fan H., Liao C., Zheng J., Wang W., Ma X., Yang M., Sun X., Zhao W. Длинная некодирующая РНК MSC-AS1 облегчает пролиферацию и гликолиз клеток рака желудка, регулируя экспрессию PFKFB3. Междунар. Дж. Мед. науч. 2021; 18: 546–554. doi: 10.7150/ijms.51947. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

40. Han W., Yu G., Meng X., Hong H., Zheng L., Wu X., Zhang D., Yan B. , Ma Y., Li X. и др. Потенциал регуляции C1QTNF1-AS1 при гепатоцеллюлярной карциноме человека. Мол. Клетка. Биохим. 2019;460:37–51. doi: 10.1007/s11010-019-03569-w. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

41. Gonzàlez-Porta M., Frankish A., Rung J., Harrow J., Brazma A. Транскриптомный анализ тканей и клеточных линий человека выявил одну доминантный транскрипт на ген. Геном биол. 2013;14:R70. doi: 10.1186/gb-2013-14-7-r70. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

42. Виттинг-Сируп К., Санделин А. Ландшафт переключений изоформ при раке человека. Мол. Рак Рез. 2017;15:1206–1220. doi: 10.1158/1541-7786.MCR-16-0459. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

43. Модрек Б., Ли К. Геномный взгляд на альтернативный сплайсинг. Нац. Жене. 2002; 30:13–19. doi: 10.1038/ng0102-13. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

44. Caniggia I., Mostachfi H., Winter J., Gassmann M., Lye S.J., Kuliszewski M., Post M. Фактор-1, индуцируемый гипоксией, опосредует биологические эффекты. кислорода на дифференцировку трофобласта человека через TGFbeta(3) J. Clin. расследование 2000; 105: 577–587. doi: 10.1172/JCI8316. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

45. Caolo V., Swennen G., Chalaris A., Wagenaar A., ​​Verbruggen S., Rose-John S., Molin D.G.M., Vooijs M., Post M.J. ADAM10 и ADAM17 играют противоположные роли во время прорастания ангиогенеза. Ангиогенез. 2015;18:13–22. doi: 10.1007/s10456-014-9443-4. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

46. Райквар Н.С., Лю К.З., Томас С.П. N-концевое расщепление и высвобождение эктодомена Flt1 опосредуются через ADAM10 и ADAM 17 и регулируются VEGFR2 и внутриклеточным доменом Flt1. ПЛОС ОДИН. 2014;9:e112794. doi: 10.1371/journal.pone.0112794. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

47. Hu T., Wang G., Zhu Z., Huang Y., Gu H., Ni X. Повышенная экспрессия ADAM10 в преэклампсии плаценты связана со сниженной экспрессией ферментов продукции сероводорода. Плацента. 2015; 36: 947–950. doi: 10.1016/j.placenta.2015.05.007. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

48. Палмер К.Р., Тонг С., Кайтуу-Лино Т.Дж. Плацентарно-специфический sFLT-1: роль в патофизиологии преэклампсии и его трансляционные возможности для клинического прогнозирования и диагностики. Мол. Гум. Воспр. 2017;23:69–78. doi: 10.1093/molhr/gaw077. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

49. Gutwein P., Mechtersheimer S., Riedle S., Stoeck A., Gast D., Joumaa S., Zentgraf H., Fogel M., Altevogt D.P. ADAM10-опосредованное расщепление молекулы адгезии L1 на клеточной поверхности и в освобожденных мембранных везикулах. FASEB J. 2003; 17: 292–294. doi: 10.1096/fj.02-0430fje. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

50. Barsoum I. B., Hamilton T.K., Li X., Cotechini T., Miles E.A., Siemens D.R., Graham C.H. Гипоксия вызывает ускользание от врожденного иммунитета в раковых клетках за счет повышенной экспрессии ADAM10: роль оксида азота. Рак Рез. 2011;71:7433–7441. doi: 10.1158/0008-5472.CAN-11-2104. [PubMed] [CrossRef] [Академия Google]

51. Льюис Б.П., Грин Р.Е., Бреннер С.Е. Доказательства широко распространенного сочетания альтернативного сплайсинга и нонсенс-опосредованного распада мРНК у людей. проц. Натл. акад. науч. США. 2003; 100:189–192. doi: 10.1073/pnas.0136770100. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

52. de Lima Morais D.A., Harrison P.M. Крупномасштабные доказательства сохранения кандидатуры NMD у млекопитающих. ПЛОС ОДИН. 2010;5:e11695. doi: 10.1371/journal.pone.0011695. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

53. Cui H., Wang Y., Huang H., Yu W., Bai M., Zhang L., Bryan B.A., Wang Y., Luo J., Li D., et al. Белок GPR126 регулирует онтогенетический и патологический ангиогенез посредством модуляции передачи сигналов рецептора VEGFR2. Дж. Биол. хим. 2014; 289:34871–34885. doi: 10.1074/jbc.M114.571000. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

54. Monteuuis G., Wong J.J.L., Bailey C.G., Schmitz U., Rasko J.E.J. Меняющаяся парадигма удержания интронов: регулирование, разветвления и рецепты. Нуклеиновые Кислоты Res. 2019;47:11497–11513. doi: 10.1093/nar/gkz1068. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

55. Родригес М.Е., Катринасио К., Рополо А., Риварола В.А., Ваккаро М.И. Новый путь аутофагии HIF-1α/VMP1 индуцирует устойчивость к фотодинамической терапии в клетках рака толстой кишки. Фотохим. Фотобиол. науч. 2017;16:1631–1642. doi: 10.1039/C7PP00161D. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

56. Чоудри Х., Харрис А.Л. Достижения в области биологии факторов, индуцируемых гипоксией. Клеточный метаб. 2018; 27: 281–298. doi: 10.1016/j.cmet.2017.10.005. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

57. Хун Т.-Х., Се Т.-Т., Чен С.-Ф., Ли М.-Дж., Е Ю.-Л. Аутофагия в плаценте человека на протяжении всей беременности. ПЛОС ОДИН. 2013;8:e83475. doi: 10.1371/journal.pone.0083475. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

58. Консорциум UniProt UniProt: Всемирный центр знаний о белках. Нуклеиновые Кислоты Res. 2019;47:D506–D515. doi: 10.1093/nar/gky1049. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

59. Гебай А., Горелик А., Ли З., Иллес К., Нагар Б. Структурная основа активации кислой церамидазы. Нац. коммун. 2018;9:1621. doi: 10.1038/s41467-018-03844-2. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

60. Leclerc J., Garandeau D., Pandiani C., Gaudel C., Bille K., Nottet N., Garcia V., Colosetti P. , Пагнотта С., Бахадоран П. и др. Лизосомальная кислая церамидаза ASAh2 контролирует переход между инвазивным и пролиферативным фенотипом в клетках меланомы. Онкоген. 2019;38:1282–1295. doi: 10.1038/s41388-018-0500-0. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

61. Эндрюс С. Бабрахам Биоинформатика – FastQC Инструмент контроля качества для высокопроизводительных данных о последовательностях. [(по состоянию на 1 сентября 2020 г.)]. Доступно в Интернете: http://www.bioinformatics.babraham.ac.uk/projects/fastqc/

62. Ward C.M., To T.-H., Pederson S.M. ngsReports: пакет Bioconductor для управления отчетами FastQC и другими файлами журналов, связанными с NGS. Биоинформатика. 2020; 36: 2587–2588. дои: 10.1093/биоинформатика/btz937. [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

63. Lindgreen S. AdapterRemoval: простая очистка ридов секвенирования следующего поколения. BMC Res. Примечания. 2012;5:337. дои: 10.1186/1756-0500-5-337. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

64. Патро Р., Дуггал Г., Лав М.И., Иризарри Р.А., Кингсфорд С. Салмон обеспечивает быструю и предвзятую количественную оценку экспрессии транскриптов. Нац. Методы. 2017; 14:417–419. doi: 10.1038/nmeth.4197. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

65. Йейтс А.Д., Ачутан П., Аканни В., Аллен Дж., Аллен Дж., Альварес-Харрета Дж., Амоде М.Р., Армен И.М. , Азов А.Г., Беннет Р. и др. Ensembl 2020. Nucleic Acids Res. 2020;48:D682–D688. doi: 10.1093/nar/gkz966. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

66. Франкиш А., Диханс М., Феррейра А.-М., Джонсон Р., Юнгрейс И., Лавленд Дж., Мадж Дж. М., Сису К., Райт Дж., Армстронг Дж. и др. Справочная аннотация GENCODE для геномов человека и мыши. Нуклеиновые Кислоты Res. 2019;47:D766–D773. doi: 10.1093/nar/gky955. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

67. Сривастава А., Малик Л., Саркар Х., Закери М., Альмодареси Ф., Сонесон К., Лав М.И., Кингсфорд К., Патро Р. Методология выравнивания и картирования влияет на оценку распространенности транскриптов. Геном биол. 2020;21:239. doi: 10.1186/s13059-020-02151-8. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

68. Robinson MD, McCarthy D.J., Smyth G.K. edgeR: пакет Bioconductor для анализа дифференциальной экспрессии цифровых данных экспрессии генов. Биоинформатика. 2010;26:139–140. doi: 10.1093/биоинформатика/btp616. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

69. Hicks S.C., Irizarry R.A. Quantro: основанный на данных подход к выбору подходящего метода нормализации. Геном биол. 2015;16:117. doi: 10.1186/s13059-015-0679-0. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

70. Hicks S.C., Okrah K., Paulson J.N., Quackenbush J., Irizarry R.A., Bravo H.C. Гладкая квантильная нормализация. Биостатистика. 2018;19:185–198. doi: 10.1093/biostatistics/kxx028. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

71. Lun A.T.L., Chen Y., Smyth G.K. Это DE-licious: рецепт для дифференциального анализа экспрессии экспериментов по секвенированию РНК с использованием методов квазиправдоподобия в edgeR. Методы Мол. биол. 2016;1418:391–416. [PubMed] [Google Scholar]

72. Уорд Дж.Х. Иерархическая группировка для оптимизации целевой функции. Варенье. Стат. доц. 1963; 58: 236–244. doi: 10.1080/01621459.1963.10500845. [Перекрестная ссылка] [Академия Google]

73. Колде Р. Тепловая карта: красивые тепловые карты. Версия пакета R 1.0.12. 2019. [(по состоянию на 31 марта 2022 г.)]. Доступно в Интернете: https://cran.r-project.org/package=pheatmap

74. Новицка М., Робинсон М.Д. DRIMSeq: мультиномиальная структура Дирихле для результатов многомерного подсчета в геномике. F1000Исследование. 2016;5:1356. doi: 10.12688/f1000research.8900.2. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

75. Ван ден Берге К., Сонесон К., Робинсон М.Д., Клемент Л. скорость обнаружения в дифференциальной экспрессии и использовании дифференциального транскрипта. Геном биол. 2017;18:151. doi: 10.1186/s13059-017-1277-0. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

76. Янг М.Д., Уэйкфилд М.Дж., Смит Г.К., Ошлак А. Генный онтологический анализ для секвенирования РНК: учет предвзятости отбора. Геном биол. 2010;11:R14. doi: 10.1186/gb-2010-11-2-r14. [Бесплатная статья PMC] [PubMed] [CrossRef] [Google Scholar]

77.

Оставьте комментарий